药品管理系统在信息化医院管理中具有重要的作用，其提供的药品信息查询、药品管理、药品毒理分类、药品出入库管理等功能，在方便临床医生的同时，提高了药品管理人员的工作效率，大大地缩短了救治时间。但也有一些漏洞，主要表现在：
1.1 药品入库时监督不严，落实不够
药品采购后，许多单位通常的做法是药械科说了算，提货由其提，入库由其入，这样就造成了进货数与入库数不符，药品管理系统中的数目与实进药品的数目不同，如果没有上级主管部门来认真查对，没有认真查对每年的药品进货款及药品收入款，将会造成一些亏空。
1.2 药品发放时不认真查对
主要有两种情况：一是药库在出库时故意将药品相同而剂量不同的药品发给临床科室，从中提取差价，二是门诊药局在发给患者药品时，只核对发票与门诊药局管理系统上金额数目，而不核对处方所开药品数目，造成药品的少发与多发。
1.3 人情药不能根除
同是一个医院的工作人员，难免面子上过不去，许多医院常常出现这种情况：本院的工作人员，常跑去药房要一些小包装或散剂量药品，而药房的工作人员又不好拒绝，长此以往，造成药局的库存亏空。
1.4 药品管理人员工作素质不高，导致药品的非正常流通
由于日前医院药品的采购主要有两个途径：一是卫生主管部门统一采购、公开招标，这部分药品占医院采购的大头，二是为方便医院的临床用药，有部分药品由医院自行采购，因此一些职业道德不佳的药品管理人员便与供货商相互勾结，表面上进少许的药品，实际卖出去的药品远远大干所购药品。另外一个情况是：一些供货商给药品管理人员一些好处费，搞得药品管理人员架子很大，药品管理人员对没有好处费用的药品可随时在药品管理系统中让其间断停用，造成临床用药不能正常运转，或者是直接将一些药品采取不入药品管理系统的方法，让临床医生不能及时获取药品信息。
